宏基因組測序研究
宏基因組學(xué) (Metagenomics) 研究通過(guò)全基因組鳥(niǎo)槍法 (Whole Genome Shotgun, WGS) 測序策略,將提取獲得的微生物組總 DNA 隨機打斷為短片段,并構建合適長(cháng)度的插入片段文庫,對這些文庫進(jìn)行雙端 (Paired-end, PE) 高通量測序,從而能全面精細地展示整個(gè)菌群的功能代謝譜和物種精細組成譜,進(jìn)而在組成和功能水平分別挖掘關(guān)鍵生物標記物,從原理上闡明微生物群落在生態(tài)系統中發(fā)揮作用的根本機制。
1. 直接對菌群樣本中的基因片段進(jìn)行測序,真實(shí)再現菌群復雜而精密的生態(tài)功能;
2. 使用Illumina HiSeq系列超高通量測序平臺,周期更短,每個(gè)樣本都能一次性獲得至少10 Gb的測序數據量,真正實(shí)現對物種和功能的精確定量;
3. 多種功能注釋數據庫可選,根據研究需求選擇KEGG/EggNOG/CAZy/NR/Swiss-Prot/GO/VFDB/CARD等數據庫,最優(yōu)化宏基因組功能代謝譜注釋?zhuān)?/span>
4. 通過(guò)微生物基因信息精確識別物種來(lái)源,獲取種以及種以下水平的“高分辨率”物種精細組成譜;
5. 通過(guò)多種多變量統計分析和機器學(xué)習方法,系統、深入地挖掘宏基因組大數據中差異相關(guān)的關(guān)鍵物種和關(guān)鍵功能,精確識別關(guān)鍵生物標記物。