宏轉錄組測序研究
宏轉錄組學(xué)(Metatranscriptomics)的研究對象是微生物組mRNA,在獲取微生物組總RNA并去除rRNA之后,反轉錄為cDNA,并構建合適長(cháng)度的插入片段文庫,對這些文庫進(jìn)行雙端(Paired-end,PE)高通量測序,從而能精確定量整個(gè)菌群中具有活性的物種精細組成及其對應功能的表達水平,進(jìn)而鎖定菌群中的關(guān)鍵生物標記物、闡明其生物學(xué)意義。
1. 業(yè)界公認的總RNA提取方法和rRNA去除技術(shù),專(zhuān)業(yè)、高校、穩定;
2. 使用Illumina HiSeq系列超高通量測序平臺,周期更短,每個(gè)樣本都能一次性獲得至少10 Gb的測序數據量,真正實(shí)現對活性物種和表達功能的精確定量;
3. 多種功能注釋數據庫可選,根據研究需求選擇KEGG/EggNOG/CAZy/NR/Swiss-Prot/GO/VFDB/CARD等數據庫,最優(yōu)化宏轉錄組的活性功能代謝譜注釋?zhuān)?/span>
4. 通過(guò)微生物基因信息精確識別物種來(lái)源,獲取種以及種以下水平的“高分辨率”活性物種精細組成譜;
5. 通過(guò)多種多變量統計分析和機器學(xué)習方法,系統、深入地挖掘宏轉錄組大數據中差異相關(guān)的活性物種和對應功能,從而精確識別關(guān)鍵的活性生物標記物。
實(shí)驗流程
微生物組總RNA提取→核糖體RNA去除→mRNA片段化→反轉錄cDNA→cDNA文庫構建并定量→上機進(jìn)行高通量測序