定量蛋白質(zhì)組學(xué)，是對研究對象基因組表達的所有蛋白質(zhì)或者一個(gè)混合體系中的目標蛋白質(zhì)進(jìn)行精確定量和定性的蛋白質(zhì)組學(xué)。用來(lái)探索蛋白質(zhì)作用模式、功能機理、調節控制以及蛋白質(zhì)群體內的相互關(guān)系，從而獲得對不同處理過(guò)程、生理狀態(tài)、及其調控網(wǎng)絡(luò )的全面而深入的認識，以揭示生命活動(dòng)的基本規律。根據技術(shù)手段的區別，分為iTRAQ/TMT 標記定量蛋白質(zhì)組， Label Free 非標記定量蛋白質(zhì)組。

方案設計

定量蛋白組學(xué)的實(shí)驗設計思路為差異比較，獲得不同處理或生理狀態(tài)下的蛋白質(zhì)表達變化，從而探索不同處理或生理狀態(tài)之間的差異機制，同時(shí)也可為植物抗逆、育種保護，肉及乳制品品質(zhì)研究，動(dòng)物致病研究等諸多應用領(lǐng)域提供理論依據。蛋白組學(xué)實(shí)驗，一般建議樣本重復數不少于 3 個(gè)，野外樣本重復數大于 6 個(gè)，生物學(xué)重復越多越好。

iTRAQ標記定量蛋白質(zhì)組學(xué) 

樣本要求

項目流程

TMT標記定量蛋白質(zhì)組學(xué) 

樣本要求

項目流程

Label Free非標記定量蛋白質(zhì)組學(xué) 

樣本要求

項目流程

SILAC細胞蛋白質(zhì)組分析技術(shù) 

樣本要求

項目流程

分析內容展示

差異蛋白火山圖

KEGG 富集分析

GO 富集分析圖

差異蛋白雙向聚類(lèi)熱圖

KEGG 代謝通路圖

蛋白網(wǎng)絡(luò )互作圖

Input是什么，有什么作用

input是指樣本經(jīng)過(guò)超聲，但是沒(méi)有進(jìn)行ChIP，包含樣本超聲后總DNA，可以進(jìn)行電泳，檢測超聲效果，同時(shí)，可以與最后ChIP樣本進(jìn)行比較，看ChIP的效率（如果用同一引物進(jìn)行PCR，ChIP組和input組亮度差不多，說(shuō)明ChIP效率高，基本上，樣本中所有的目的基因片段都被ChIP下來(lái)了，反之，說(shuō)明效率低，實(shí)驗條件有待改進(jìn)）

ChIP-seq測序需要多少數據量？

推薦20M reads /樣本的數據量。

ChIP-Seq是所有物種都能做嗎

不是，研究對象應該是有參考基因組的動(dòng)物，注釋完整。

文庫制備過(guò)程是否需要PCR 擴增？PCR 擴增后是否會(huì )影響最后的結果？

基于第二代測序平臺的ChIP-Seq在文庫制備過(guò)程中需要進(jìn)行PCR，主要是為了獲得足夠上機反應的DNA量，如果提供的DNA樣品足量，可減少PCR循環(huán)數。因此由PCR引起的偏向性非常小。

DNA 片段范圍的跨度會(huì )對后續測序有影響嗎？

有影響，定量準確性、測序質(zhì)量與數據產(chǎn)量都可能受到影響，而且跨度越大，影響越大。通常我們要求打斷后DNA電泳主帶在100-500 bp 范圍內，主峰介于200-300 bp。目前在建庫過(guò)程中允許的最長(cháng)跨度為200 bp。

ChIP-Seq是否需要做陰性對照測序？

通?？梢赃x擇Input作為對照進(jìn)行測序，也可根據經(jīng)費情況靈活安排。

哪些因素會(huì )影響ChIP-Seq的結果？

抗體的質(zhì)量與特異性、實(shí)驗設計、ChIP的實(shí)驗操作、DNA片段長(cháng)度范圍、測序深度、測序質(zhì)量等都會(huì )影響ChIP-Seq的結果。