線(xiàn)粒體&葉綠體基因組測序

線(xiàn)粒體&葉綠體基因組測序，是指采用利用二代/三代測序平臺，對動(dòng)植物線(xiàn)粒體和植物葉綠體進(jìn)行高通量測序，通過(guò)高深度測序和生物信息分析，獲得線(xiàn)粒體&葉綠體基因組的序列、編碼基因、遺傳進(jìn)化等相關(guān)信息。

針對動(dòng)物線(xiàn)粒體基因組測序是否需要提供純的線(xiàn)粒體基因組 DNA？
只需要提供全基因組總 DNA，不需要通過(guò)密度梯度離心等方法獲得純的線(xiàn)粒體DNA。
注意：每一種組織的線(xiàn)粒體 DNA 的含量不一樣，取樣時(shí)，盡量提供線(xiàn)粒體 DNA 含量豐富的組織或細胞，如肌肉組織。
如何從全基因組測序中獲得線(xiàn)粒體 DNA？
一般來(lái)說(shuō)，一個(gè)真核生物中包含M個(gè)線(xiàn)粒體細胞器，每一個(gè)線(xiàn)粒體細胞中包含N條線(xiàn)粒體基因組 DNA，核基因組數為 2，則線(xiàn)粒體基因組與核基因組的比例為 M*N：2。
采用生物信息學(xué)分析，將全基因組拼接結果中高覆蓋度的序列提取出來(lái)，并與數據庫進(jìn)行比對分析，從而獲得線(xiàn)粒體基因組 DNA。
植物的線(xiàn)粒體/葉綠體葉綠體基因組測序工作怎么準備樣品？
植物的線(xiàn)粒體/葉綠體基因組大小比較大，一般我們都建議采用Illumina+Pacbio 來(lái)進(jìn)行測序，對樣品的需求就比較高，需要老師提供富集的線(xiàn)粒體DNA。常用的富集方法：超高速離心富集、富集線(xiàn)粒體/葉綠體DNA試劑盒等。