基因組從頭測序(de novo sequencing),主要針對基因組序列未知或參考基因組組裝不理想的物種,構建不同類(lèi)型的基因組DNA文庫,并進(jìn)行序列測定。然后使用生物信息學(xué)方法對序列進(jìn)行拼接、組裝和注釋?zhuān)瑥亩L制該物種完整的基因組序列信息。簡(jiǎn)單基因組:重復序列低于50%,且二倍體雜合度低于0.5%的物種。
復雜基因組:重復序列高于50%,或二倍體雜合度高于0.5%,或其他多倍體物種。
基因組框架圖和精細圖有什么不同?
框架圖能覆蓋基因組常染色體區域90%,覆蓋基因區域95%,Contig N5到5 kb,Scaffold N50達到20 kb,單堿基錯誤率在十萬(wàn)分之一以下。精細圖能覆蓋基因組常染色體區域95%,覆蓋基因區域98%,Contig N5到20 kb,Scaffold N50達到300 kb,單堿基錯誤率在十萬(wàn)分之一以下。
動(dòng)植物基因組從頭測序時(shí)為什么需要構建不同類(lèi)型的文庫?
因為動(dòng)植物基因組大、復雜度高,且存在大量的重復區域,因此需要制備不同梯度的測序文庫,進(jìn)行雙末端測序,使得在拼接中能夠跳過(guò)大范圍的重復區,從而避免了基因組中重復序列造成 的錯拼,提高了拼接的質(zhì)量;同時(shí)結合BAC或Fosmid文庫以及多種測序平臺的綜合運用,保證了測序的準確性和基因組的完整性,高效經(jīng)濟的完成高等動(dòng)植物的基因組圖譜繪制。
在動(dòng)植物基因組從頭測序中,不同測序平臺分別有什么優(yōu)勢?
以Illumina 為代表的二代測序平臺,具有測序數據量大,成本低,可以為基因組測序提供高覆蓋率的數據的優(yōu)勢。但是該平臺存在讀長(cháng)短、具有 GC 偏好性等特點(diǎn),難以跨過(guò)重復序列區域和高 GC 含量的區域。以PacBio 公司的RS II和Sequel 平臺為代表的三代測序平臺,具有讀長(cháng)長(cháng)(平均reads 長(cháng)度 > 10 kb)、測序速度快(運行時(shí)間短,單個(gè)SMRT Cell的運行時(shí)間為2~6 hour)、通量高(平均每個(gè) SMRT Cell 產(chǎn)生~8G有效數據)、無(wú) GC 偏好性、能檢測堿基修飾信息(包括甲基化修飾)、無(wú) PCR 偏向性(不需要經(jīng)過(guò) PCR 擴增,避免測序覆蓋的不均一性)等特點(diǎn),尤其適合動(dòng)植物基因組的從頭測序。根據物種基因組的特點(diǎn)及復雜程度,派森諾生物會(huì )科學(xué)地設計測序實(shí)驗方案,合理地將多個(gè)平臺搭配在一起使用,既能解決復雜基因組的測序難題,保證基因組測序的質(zhì)量,同時(shí)也能兼顧實(shí)驗項目的經(jīng)濟性。
科研服務(wù)轉錄組蛋白組表觀(guān)基因組學(xué)代謝組微生物組微生物基因組動(dòng)植物基因組人基因組三代測序服務(wù)常規分子實(shí)驗常規測序與合成
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