基因組從頭測序（de novo sequencing），主要針對基因組序列未知或參考基因組組裝不理想的物種，構建不同類(lèi)型的基因組DNA文庫，并進(jìn)行序列測定。然后使用生物信息學(xué)方法對序列進(jìn)行拼接、組裝和注釋?zhuān)瑥亩L制該物種完整的基因組序列信息。簡(jiǎn)單基因組：重復序列低于50%，且二倍體雜合度低于0.5%的物種。

復雜基因組：重復序列高于50%，或二倍體雜合度高于0.5%，或其他多倍體物種。

技術(shù)線(xiàn)路

分析項目

分析結果展示

• 基因組框架圖和精細圖有什么不同？ 

  框架圖能覆蓋基因組常染色體區域90%，覆蓋基因區域95%，Contig N5到5 kb，Scaffold N50達到20 kb，單堿基錯誤率在十萬(wàn)分之一以下。精細圖能覆蓋基因組常染色體區域95%，覆蓋基因區域98%，Contig N5到20 kb，Scaffold N50達到300 kb，單堿基錯誤率在十萬(wàn)分之一以下。

• 動(dòng)植物基因組從頭測序時(shí)為什么需要構建不同類(lèi)型的文庫？

  因為動(dòng)植物基因組大、復雜度高，且存在大量的重復區域，因此需要制備不同梯度的測序文庫，進(jìn)行雙末端測序，使得在拼接中能夠跳過(guò)大范圍的重復區，從而避免了基因組中重復序列造成 的錯拼，提高了拼接的質(zhì)量；同時(shí)結合BAC或Fosmid文庫以及多種測序平臺的綜合運用，保證了測序的準確性和基因組的完整性，高效經(jīng)濟的完成高等動(dòng)植物的基因組圖譜繪制。

• 在動(dòng)植物基因組從頭測序中，不同測序平臺分別有什么優(yōu)勢？

  以Illumina 為代表的二代測序平臺，具有測序數據量大，成本低，可以為基因組測序提供高覆蓋率的數據的優(yōu)勢。但是該平臺存在讀長(cháng)短、具有 GC 偏好性等特點(diǎn)，難以跨過(guò)重復序列區域和高 GC 含量的區域。以PacBio 公司的RS II和Sequel 平臺為代表的三代測序平臺，具有讀長(cháng)長(cháng)（平均reads 長(cháng)度 > 10 kb）、測序速度快（運行時(shí)間短，單個(gè)SMRT Cell的運行時(shí)間為2~6 hour）、通量高（平均每個(gè) SMRT Cell 產(chǎn)生~8G有效數據）、無(wú) GC 偏好性、能檢測堿基修飾信息（包括甲基化修飾）、無(wú) PCR 偏向性（不需要經(jīng)過(guò) PCR 擴增，避免測序覆蓋的不均一性）等特點(diǎn)，尤其適合動(dòng)植物基因組的從頭測序。根據物種基因組的特點(diǎn)及復雜程度，派森諾生物會(huì )科學(xué)地設計測序實(shí)驗方案，合理地將多個(gè)平臺搭配在一起使用，既能解決復雜基因組的測序難題，保證基因組測序的質(zhì)量，同時(shí)也能兼顧實(shí)驗項目的經(jīng)濟性。