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原核轉錄組測序

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原核轉錄組測序

指利用高通量測序技術(shù)進(jìn)行cDNA測序，全面快速地獲取某一種特定器官或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉錄本。目前轉錄組測序產(chǎn)品有 真核有參 轉錄組測序、真核無(wú)參轉錄組測序和原核轉錄組測序。

技術(shù)線(xiàn)路

分析內容


分析項目	類(lèi)別	分析	備注
1.	原始數據整理、過(guò)濾及質(zhì)量評估	A	√
2.	參考基因組注釋信息整理	A	√
3.	比對到參考基因組及結果評估	A	√
4.	eggNOG分類(lèi)分析	A	√
5.	基因表達量統計	A	√
6.	表達差異基因分析	A	√
7.	表達差異基因GO富集分析	A	√
8.	表達差異基因KEGG富集分析	A	√
9.	表達差異基因聚類(lèi)分析	A	√
10.	PCA分析	A	√
11.	組間共有特有差異基因可視化	B	√	實(shí)驗分組≥3
12.	cSNP分析	B	√
13.	新轉錄位點(diǎn)預測	B	√
14.	操縱子預測分析	B	√
15.	UTR分析	B	√
16.	antisense RNA分析	B	√

圖1 RPKM密度分布

圖2 樣品相關(guān)性檢驗

圖3 RPKM飽和度

圖4 MA圖

常見(jiàn)問(wèn)題

派森諾生物原核轉錄組測序用到哪些試劑？
1）RNA提?。篢rizol Reagent；
2）核糖體RNA去除：IlluminaRibo-Zero? Magnetic Kit；
3）文庫構建：IlluminaTruSeq Stranded mRNA LT Sample Prep Kit；
4）上機測序IlluminaNextSeq?500 High Output Kit v2。
原核轉錄組去除核糖體RNA效率如何？
目前針對原始生物轉錄組測序，根據物種的具體情況我們會(huì )采用Illumina核糖體RNA去除試劑盒進(jìn)行rRNA去除，這些試劑盒的rRNA去除效率一般都在98%以上。

上一個(gè)：絕對定量轉錄組測序

下一個(gè)：真核有參轉錄組測序

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電話(huà)：0532-89960003 (測序） 0532-67762873（合成）
郵箱：qingdao@psnbio.com

友情鏈接：派森諾醫學(xué) 倍沃醫學(xué) 上海派森諾

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