目前已報道全長(cháng)轉錄組文章大都采用“三+二”的模式，三代建庫測序以檢測更準確的結構變異為主，對于有參考基因組物種可以準確檢測可變剪切，融合基因，新基因的預測，對于無(wú)參考基因組物種提供準確的參考序列，有助于后期差異分析；二代測序轉錄組研究可以實(shí)現較三代更準確的定量。此外“三+二”模式可以利用二代的數據對三代進(jìn)行校正。

全長(cháng)轉錄組是基于PacBio Sequel三代測序平臺，無(wú)需打斷拼接，直接獲得包含5’，3’UTR，poly A tail的完整轉錄本，從而準確分析有參考基因組物種可變剪切及融合基因等結構信息，克服無(wú)參考基因組物種轉錄本拼接較短、信息不完整的難題。

基于PacBio Sequel平臺，如果是想獲得轉錄組中高表達基因，可選擇1個(gè)文庫測1-3個(gè)Cell （5~15G數據），如果想獲得更多極低豐度基因，建議1個(gè)文庫測3個(gè)Cell以上。同時(shí)，也需要參考研究物種轉錄組復雜性，如多倍體物種，基因數量一般相對較多，在參考上述情況后，需適量增加數據量。

有參考基因組和無(wú)參考基因組的物種均適合。

主要依據研究目的而定。通常，如果想獲得某物種比較全面的轉錄本信息，建議采集不同組織樣本提取RNA，等量混合測序，得到盡可能全面的表達轉錄本。如植物，建議取根、莖、葉、花、果實(shí)等；如動(dòng)物，建議取肝臟、腎臟、腸、皮膚等部位；如果只針對某個(gè)組織部位進(jìn)行組織特異性全長(cháng)轉錄組分析，則可只對該組織取樣，也可以取該組織不同的發(fā)育時(shí)期樣品提取RNA，等量混合分析。