菌群組成譜全長(cháng)測序研究

基于PacBio三代測序平臺，能夠輕而易舉地讀取群落微生態(tài)系統中所有微生物的rRNA基因/ITS全長(cháng)序列，不再受制于短序列的局限性，并充分保障全長(cháng)序列的測序精確性，從而在種甚至菌株等精細水平更全面更深入地解析菌群多樣性和組成譜。

產(chǎn)品特色

l 深入獲取微生物群落的精細組成信息；

l 預測微生物群落的潛在代謝功能，并指導后續宏基因組測序研究；

l 通過(guò)“全微生物組關(guān)聯(lián)研究（Microbiome-Wide Association Studies，MWAS）”，精準鑒定與表型/組間差異相關(guān)的關(guān)鍵物種。

應用領(lǐng)域

l 微生物組與環(huán)境互作關(guān)系的研究；

l 微生物組與宿主共生關(guān)系的研究；

l 微生物組在臨床醫學(xué)和精準醫療領(lǐng)域的應用；

l 微生物組在發(fā)酵工藝、食品加工/檢測等行業(yè)的應用。

派森諾優(yōu)勢

l 自動(dòng)化、專(zhuān)業(yè)、完善的DNA提取擴增體系和樣本前處理流程；

l 派森諾擁有PacBio RSII和Sequel兩種單分子實(shí)時(shí)測序平臺，提供一站式測序服務(wù)；

l Greengenes/Silva/HOMD/RDP/Unite/MaarjAM等多個(gè)物種注釋數據庫，優(yōu)化物種的分類(lèi)鑒定；

l 專(zhuān)家教授全方位支持，結果直接用于發(fā)表，可按需個(gè)性化定制；

l 項目經(jīng)驗豐富全面，涵蓋水樣、活性污泥、土壤、排泄物、體液、組織等各類(lèi)樣本。

PacBio和Illumina平臺對菌群16S rRNA基因測序結果的比較，三代測序的結果能顯著(zhù)提升種水平的物種檢測精確性，并大幅改善物種分類(lèi)信息的不確定性。

蔚來(lái)生物菌群組成譜全長(cháng)測序分析流程

送樣要求

蔚來(lái)生物特色分析內容舉例

種水平的精細組成圖

上圖中，橫坐標依據樣本名排列，每一個(gè)柱形圖代表一個(gè)樣本，并以顏色區分各分類(lèi)單元，縱坐標代表各分類(lèi)單元的相對豐度，柱子越長(cháng)，該分類(lèi)單元在對應樣本中的相對豐度越高。

組間差異顯著(zhù)的種水平分類(lèi)單元的豐度分布小提琴圖

上圖中，橫坐標為組間差異顯著(zhù)的種水平分類(lèi)單元，縱坐標為各分類(lèi)單元在各樣本（組）內的序列量，以小提琴圖結合箱線(xiàn)圖的形式展示：其中，小提琴圖可以直觀(guān)地顯示數據的分布特征，“小提琴”的“胖瘦”反映了樣本數據分布的密度高低（寬度越寬，表明該序列量水平所對應的樣本越多）；箱線(xiàn)圖邊框代表上下四分位數間距（Interquartile range，IQR），橫線(xiàn)代表中位值，上下觸須分別代表上下四分位以外的1.5倍IQR范圍，符號“?”表示超過(guò)范圍的極端值。

種水平關(guān)聯(lián)網(wǎng)絡(luò )分析圖

上圖中，各節點(diǎn)的圓圈代表種水平的各分類(lèi)單元，以不同的顏色標識，節點(diǎn)之間的連接表明兩個(gè)物種之間存在相關(guān)性，紅線(xiàn)表明正相關(guān)，綠線(xiàn)表明負相關(guān)。通過(guò)某節點(diǎn)的連接越多，表明該物種與菌群中其它成員的關(guān)聯(lián)越密切。

菌群代謝功能預測的KEGG直系同源基因簇（KO）豐度熱圖

上圖中，樣本先按照彼此之間功能類(lèi)群豐度分布的相似度進(jìn)行聚類(lèi)，根據聚類(lèi)結果橫向依次排列。同理，功能類(lèi)群也按照彼此在不同樣本中分布的相似度進(jìn)行聚類(lèi)，根據聚類(lèi)結果縱向依次排列。圖中，紅色代表在對應樣本中豐度較高的功能類(lèi)群，綠色代表豐度較低的功能類(lèi)群。