全長(cháng)轉錄組測序

基于PacBio三代測序平臺的全長(cháng)轉錄組測序，可直接獲取mRNA全長(cháng)序列，更為精準地解讀mRNA結構信息，重點(diǎn)關(guān)注基因的可變剪切、融合基因等。

應用領(lǐng)域

◇ 獲得基因組未知物種的基因集，用于基因功能研究

◇ 基因結構差異分析

◇ 發(fā)現新轉錄本

◇ 分子機制研究

◇ 基因表達調控研究

蔚來(lái)生物優(yōu)勢

◇ 完善的樣品提取檢測方案，保障 mRNA 的完整性；

◇ 派森諾擁有 PacBio Sequel 及 PacBio RSII 單分子測序平臺，提供一站式測序服務(wù)；

◇ 深度測序推薦，挖掘低豐度基因信息；

◇ 專(zhuān)業(yè)分析團隊，項目經(jīng)驗豐富，提供個(gè)性化分析內容。

全長(cháng)轉錄組實(shí)驗流程

1、樣品制備：總RNA提取

2、cDNA合成：Clontech SMARTer PCR cDNA Synthesis Kit

3、文庫構建： SMRTbell^TM Template Prep Kit 1.0

4、上機測序：Sequel  Sequencing Kit 2.0

技術(shù)線(xiàn)路

Pacbio 測序實(shí)驗流程：

1）高質(zhì)量總RNA的制備；

2）SMARTer PCR cDNA Synthesis Kit (Clontech) 反轉錄，將 RNA 反轉錄成 cDNA；

3）文庫構建：SMRTbell? Template Prep Kit 1.0；

4）上機測序：Sequel? Sequencing Kit 2.0。

送樣要求

蔚來(lái)生物特色分析內容舉例

可變剪切模型可視化

上圖左下角和右下角的數字分別代表該基因的起始位點(diǎn)和終止位點(diǎn)。該圖一共分4行，第一行為以該基因的注釋文件作出的基因模型，第二行為根據測序結果與注釋文件共同作出的基因模型，第三行也是根據測序結果與注釋文件共同作出的基因模型，與第二行不同的是只是畫(huà)出具有代表性的isoform，第四行則是測序文件中支持各外顯子的reads數目?；疑奈暹呅未硗怙@子，它們之間的連線(xiàn)表示不同的剪接方式。紫色背景表示有外顯子出現的區域（這其中包括保留的內含子），白色背景表示沒(méi)有外顯子出現的區域（即內含子區域）。圖中白色背景的寬度并不代表真實(shí)的內含子長(cháng)度，由于有的基因內含子區域遠比外顯子區域長(cháng)，為了更清楚地展示可變剪切模型，內含子區域會(huì )被縮短很多。

融合基因染色體分布

內圈以連線(xiàn)的形式展示了融合基因的兩個(gè)組成基因在染色體上的分布位置，外圈則以散點(diǎn)圖的形式展示了各位點(diǎn)上的基因成為多少種融合基因的組成成分的情況。

常見(jiàn)問(wèn)題