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全基因組關(guān)聯(lián)分析

全基因組關(guān)聯(lián)分析(Genome-wide association study,GWAS)是一種在某一特定群體中研究遺傳突變和表型之間的相關(guān)性的方法。

SSR分子標記開(kāi)發(fā)

微衛星 (Microsatellite) 又稱(chēng)小串聯(lián)重復 (Short Tandem Repeats, STRs)(Simple Sequence Repeats, SSR)。在各種真核生物基因組中,分布廣且比較均勻。

全外顯子組測序

對人類(lèi)、小鼠等模式生物,可進(jìn)行全外顯子組測序。以人為例,在人基因中大約有 180,000 個(gè)外顯子,占人類(lèi)全部基因組的 1%,大約包含 85% 的致病突變。

人基因組重測序

全基因組測序可全面挖掘DNA水平的遺傳變異,包括較大的結構變異。測序周期短,有效數據覆蓋均一,可用于拷貝數變異和結構變異的檢測、融合基因檢測、病毒整合位點(diǎn)檢測、非編碼區突變檢測。

目標區域捕獲測序

目標區域測序是針對研究者感興趣的基因組序列,通過(guò)定制目標區域的探針,與基因組進(jìn)行雜交, 將目標區域DNA富集后進(jìn)行高通量測序。

全長(cháng)轉錄組測序

基于PacBio三代測序平臺的全長(cháng)轉錄組測序,可直接獲取mRNA全長(cháng)序列,更為精準地解讀mRNA結構信息,重點(diǎn)關(guān)注基因的可變剪切、融合基因等。

菌群多樣性組成譜全長(cháng)測序

基于PacBio三代測序平臺,能夠輕而易舉地讀取群落微生態(tài)系統中所有微生物的rRNA基因/ITS全長(cháng)序列,不再受制于短序列的局限性,并充分保障全長(cháng)序列的測序精確性,從而在種甚至菌株等精細水平更全面更深入地解析菌群多樣性和組成譜。

動(dòng)植物基因組全長(cháng)測序

De novo測序,即從頭測序,是指為了獲得該物種完整的基因組序列圖譜,構建不同長(cháng)度的DNA片段文庫進(jìn)行序列測定,然后用生物信息學(xué)方法對片段進(jìn)行拼接、組裝和注釋。

細菌全基因組從頭測序

細菌完成圖測序是指對基因組序列未知或無(wú)近緣物種基因組信息的某個(gè)物種,構建不同插入片段的基因組文庫,基于 PacBio第三代單分子測序技術(shù)結合第二代高通量測序技術(shù),對這些文庫進(jìn)行序列測定,利用生物信息學(xué)方法進(jìn)行拼接,獲得完整的染色體及質(zhì)粒序列,解析編碼信息和表觀(guān)遺傳修飾信息。

真菌近完成圖測序

真菌近完成圖測序是指對基因組序列未知或無(wú)近緣物種基因組信息的某個(gè)物種,構建不同插入片段的基因組DNA文庫,采用第三代單分子測序技術(shù)結合第二代高通量測序技術(shù)對文庫進(jìn)行序列測定,然后利用生物信息學(xué)方法進(jìn)行組裝和注釋?zhuān)瑥亩@得該真菌的全基因組和甲基化組。

SSR / STR微衛星標記驗證

微衛星(microsatellite analysis)即短串聯(lián)重復序列(Short tandem repeat,STR),是由幾個(gè)堿基對作為核心單位,串聯(lián)重復形成的一類(lèi)DNA序列,由于核心單位重復數目的變化,構成了STR基因座的遺傳多態(tài)性。

物種鑒定

DNA技術(shù)以其幾乎可以對所有的生物類(lèi)材料進(jìn)行鑒定而被廣泛應用于動(dòng)植物物種鑒定。DNA技術(shù)鑒定動(dòng)植物物種是物種識別中發(fā)展最快、準確率最高的技術(shù)手段。動(dòng)物種屬鑒定是基于動(dòng)物mtDNA中的保守序列COI和植物cpDNA中的保守序列rbcL或matK的PCR擴增和測序,將測序結果與公共數據庫中的已知序列進(jìn)行比較后,判定動(dòng)植物種類(lèi),講未知物種劃分到屬或種。所以DNA種屬鑒定將極大地促進(jìn)人類(lèi)監測、了解及利用生物多樣性的能力,在生命科學(xué)、法醫學(xué)、流行病學(xué)、醫藥、食品質(zhì)量控制等社會(huì )經(jīng)濟領(lǐng)域具有廣泛的應用前景。